法人がその役員又は使用人に課せられた罰金等を負担した場合、その罰金等が法人の「業務の遂行に関連してされた行為等」に対して科せられたものであるときは、法人の損金の額には算入されず、そうでないときは役員又は使用人への給与(賞与)とされます。
ご質問の場合、駐車違反は「業務の遂行に関連した行為」に対して科せられたものですから、貴社が負担した交通反則金はその従業員の給与とはならず、法人に対して科せられた罰金等と同様に扱い、この交通反則金は損金の額に算入することが出来ません。
一方、駐車違反に伴い徴収されるレッカー移動代等はその措置に要した実費を負担させる意味合いのものであるため、損金算入することが出来ます。