領収書を発行する側の問題としては、印紙税が直接関係してくると思います。
印紙税の納税義務者(印紙を貼る義務のある人)は、印紙税の課税される文書の作成者となっています。領収書とは、印紙税法の第17号文書「金銭又は有価証券の受取書」の事でありますから、当然印紙税がかかってくるのです。
ですから本来印紙が貼ってあるべき領収書に印紙が貼っていなかったような場合には、作成者に納税義務がありますので、作成者に印紙を貼ってもらうよう請求できます。
しかし、印紙が貼ってなかったと言うことで、支払の事実を裏付ける証拠にならないかというとそういうことはありません。